Apabila anda akan melakukan pencatatan rekonsiliasi PPN yang menghasilkan nilai PPN Lebih atau Kurang Bayar, maka dapat dilakukan dengan cara sebagai berikut :

I. Pengecekan Data Nilai Saldo PPN Keluaran & PPN MasukanLangkah pertama yang harus anda siapkan adalah data nilai saldo PPN Keluaran dan PPN Masukan per tanggal yang dibutuhkan. Informasi nilai saldo PPN Keluaran dan PPN Masukan,  bisa anda dapatkan melalui Laporan Rekonsiliasi PPN Lebih/Kurang Bayar, yang bisa diakses melalui menu Laporan | Daftar Laporan | Pajak.

II. Pencatatan Jurnal PPN Kurang/Lebih Bayar
Selanjutnya berdasarkan saldo tersebut, anda dapat melakukan pencatatan jurnal melalui Jurnal Umum di menu Buku Besar.

Berikut ilustrasi pencatatan baik dalam kondisi lebih bayar maupun kurang bayar :
Apabila pada tanggal yang dimaksud saldo akhir PPN Keluaran sebesar 1.000 dan PPN Masukan 500, maka akan menghasilkan jurnal Kurang Bayar sebagai berikut :
(Dr) PPn Keluaran 1.000

(Cr) PPn Masukan                500

(Cr) Cash/Bank                      500

Apabila pada tanggal yang dimaksud saldo akhir PPN Keluaran sebesar 1.000 dan PPN Masukan 1.500, maka akan menghasilkan jurnal Lebih Bayar sebagai berikut:

(Dr) PPn Keluaran   1.000

(Cr) PPn Masukan            1.000

Maka pada tanggal tersebut saldo PPN Masukan masih menyisakan 500 dan dapat diguhakah sebagai kredit PPN selanjutnya.